24.02.2026 – 10:35

DFG-Förderung für integrierte Datenanalyseplattform „SRPtn“

DFG-Förderung für integrierte Datenanalyseplattform „SRPtn“

Die Medizinische Fakultät der Universität Duisburg-Essen (UDE) freut sich über eine Förderung der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) für Prof. Dr. Johannes Köster und Prof. Dr. Daniel R. Engel. Sie entwickeln mit „SRPtn“ (Serpentine) eine Datenanalyseplattform auf Basis des international etablierten Workflow-Systems „Snakemake“. Die Plattform vernetzt Teams, führt Analysen von Rohdaten bis zur fertigen Publikation durch und sichert Transparenz sowie Reproduzierbarkeit. Die DFG unterstützt das Projekt mit mehr als 600.000 Euro über einen Zeitraum von 36 Monaten.

Prof. Dr. Köster ist Professor für Bioinformatische Algorithmen in der Onkologie am Institut für Künstliche Intelligenz in der Medizin (IKIM), Prof. Dr. Engel arbeitet als Professor für Immundynamik am Institut für Experimentelle Immunologie. Im Rahmen ihres Projekts „SRPtn: Solving the Last Mile Problem of In Silico Reproducibility“ entwickeln sie gemeinsam mit Dr. Henning Timm von den Research Data Services der UDE am universitätsmedizinischen Standort Essen die integrierte Datenanalyseplattform „SRPtn“.

So arbeitet „SRPtn“

Sie basiert auf dem von Prof. Köster entwickelten Workflow-Management-System „Snakemake“. Die Plattform soll Forschenden unterschiedlicher Disziplinen ermöglichen, komplexe Datenanalysen kollaborativ und durchgängig durchzuführen – von den Rohdaten bis zu den finalen Abbildungen und Tabellen einer wissenschaftlichen Publikation. Dabei sollen zugleich Transparenz und Reproduzierbarkeit sichergestellt werden. Dazu finden unterschiedliche, oft komplementäre Kompetenzen innerhalb eines Teams Berücksichtigung. KI-Funktionen unterstützen diese.

Prof. Dr. Engel bringt in das Projekt die biomedizinische Perspektive sowie seine umfassende Expertise in der hochauflösenden, multimodalen Analyse komplexer Gewebe- und Einzelzell-Datensätze ein, die besonders hohe Anforderungen an strukturierte, reproduzierbare und interdisziplinär anschlussfähige Analyseprozesse benötigen. Dr. Timm ergänzt in fachlicher Hinsicht die Research-Data-Management-Perspektive. Durch die enge Verzahnung von methodischer Entwicklung seitens des IKIM und biomedizinischer Anwendung durch das Institut für Experimentelle Immunologie wird „SRPtn“ praxisnah entwickelt. Die Plattform kann darüber hinaus unmittelbar in anspruchsvollen realen Forschungsprojekten erprobt werden.

Internationale Kooperation

Die internationale und intersektorale Zusammenarbeit unterstreicht die hohe Relevanz des Vorhabens für Wissenschaft, Forschungsinfrastrukturen und industrielle Anwendungen. Zu den Kooperationspartner:innen des Projekts zählen die Harvard Medical School, das europäische Kernforschungszentrum CERN (Conseil Européen pour la Recherche Nucléaire), das Berlin Institute of Health at Charité (BIH), das German Human Genome-Phenome Archive (GHGA), NFDI×CS (National Research Data Infrastructure for and with Computer Science) und der Chemiekonzern BASF.

Pressekontakt 
Marie-Christine Sassenberg
Dekanat, Leiterin Referat für Kommunikation und Öffentlichkeitsarbeit
Medizinische Fakultät der Universität Duisburg-Essen
E-Mail:  marie-christine.sassenberg@uk-essen.de 
Telefon: 0201/723-6274
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Über die Medizinische Fakultät der Universität Duisburg-Essen 
Wissenschaft und Forschung auf höchstem internationalem Niveau und eine herausragende, exzellente Ausbildung zukünftiger Ärzt:innen: Diese Ziele hat sich die Medizinische Fakultät gesteckt und verfolgt sie mit Nachdruck. Wesentliche Grundlage für die klinische Leistungsfähigkeit ist die Forschung an der Fakultät mit ihrer klaren Schwerpunktsetzung in Herz- und Kreislauferkrankungen, Immunologie und Infektiologie, Onkologie, Translationaler Neuro- und Verhaltenswissenschaften sowie Transplantation. Der 2014 bezogene Neubau des Lehr- und Lernzentrums bietet den Studierenden der Medizinischen Fakultät exzellente Ausbildungsmöglichkeiten.

Über die Essener Universitätsmedizin 
Die Essener Universitätsmedizin umfasst das Universitätsklinikum Essen sowie 15 Tochterunternehmen, darunter die Ruhrlandklinik, das St. Josef Krankenhaus Werden, die Herzchirurgie Huttrop und das Westdeutsche Protonentherapiezentrum Essen. Die Essener Universitätsmedizin ist mit etwa 1.700 Betten das führende Gesundheits-Kompetenzzentrum des Ruhrgebiets und seit 2015 auf dem Weg zum Smart Hospital. 2020 behandelten unsere rund 10.000 Beschäftigten etwa 64.000 stationäre und 300.000 ambulante Patient:innen. Mit dem Westdeutschen Tumorzentrum, einem der größten Tumorzentren Deutschlands, dem Westdeutschen Zentrum für Organtransplantation, einem international führenden Zentrum für Transplantation, in dem unsere Spezialist:innen mit Leber, Niere, Bauchspeicheldrüse, Herz und Lunge alle lebenswichtigen Organe verpflanzen, sowie dem Westdeutschen Herz- und Gefäßzentrum, einem überregionalen Zentrum der kardiovaskulären Maximalversorgung, hat die Universitätsmedizin Essen eine weit über die Region reichende Bedeutung für die Versorgung von Patient:innen. Wesentliche Grundlage für die klinische Leistungsfähigkeit ist die Forschung an der Medizinischen Fakultät der Universität Duisburg-Essen mit ihrer Schwerpunktsetzung in Herz- und Kreislauferkrankungen, Immunologie und Infektiologie, Onkologie, Translationale Neuro- und Verhaltenswissenschaften sowie Transplantation.